日向灘の堆積作用は，沖合を流れる黒潮の影響を強く受けています．

海域の南端部の都井岬沖では大隈海峡を通過する黒潮によって，海域北端部の日向海岸沖では黒潮の反流によって移動している砂が認められます．一方，日南海岸沖では，都井岬の出っ張りの影で流れが弱くなり，低塩分の沿岸水域が形成されて，陸源の泥が堆積しています．